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Die wichtigsten Ziele von Reef Check sind:
- öffentliches Bewußtsein über den Wert von Korallenriffen zu schaffen, über die Bedrohungen ihrer Gesundheit und mögliche Lösungen dieser Probleme
- einen wissenschaftlich belegten Überblick über den Grad des menschlichen Einflusses auf die Riffe weltweit zu erhalten
- Anwohnern und Nutzern von Korallenriffen eine Methode zur Verfügung zu stellen, die Gesundheit ihrer Riffe zu erfassen.